В соответствии с положениями Устава БОФФ помимо Общего Собрания, как высшего органа, органы БОФФ подразделяются на несколько групп:

руководящие органы:

- Исполнительный комитет (Исполком);
- Председатель Исполкома;
- Заместитель Председателя Исполкома;

дисциплинарные и юрисдикционные органы:

- Судейский комитет;
- Апелляционный комитет;
- Комитет контрольно-дисциплинарный и по этическим вопросам;
- Комитет по детско-юношескому футболу;
- Комитет по работе со СМИ;
- Комитет по спортсооружениям;
- Научно-методический комитет;
- Комитет по футзалу и пляжному футболу
- Комитет по женскому футболу;
- Комитет по ветеранскому футболу;
- Комитет по массовому футболу;
- Комитет международных отношений и связей;

административный орган:

- Администрация БОФФ;

орган финансового контроля:

- Внутренний орган финансового контроля - контрольно-ревизионная комиссия.